Mae syndrom calon chwith hypoplastig yn anomaledd cynhenid sy’n effeithio ar y llif gwaed trwy’r galon, gan fod ochr chwith y galon wedi methu â datblygu yn ystod y beichiogrwydd. Mae’r anhwylder yn effeithio ar y fentriglau chwith, y falfau feitrol, y falf aortig a’r aorta, sydd i gyd yn methu â datblygu fel y dylent. Gallant fethu ag ymffurfio’n llawn neu aros yn fach iawn. Mae nam yn bresennol yn y septwm atrïaidd hefyd mewn rhai babanod sydd â’r anhwylder. Mae dau agoriad rhwng ochr chwith ac ochr dde’r galon mewn ffetws sy’n datblygu, sef y ductus arteriosus a’r fforamen hirgrwn. Mae’r rhain yn aros ar agor fel rheol am rai dyddiau ar ôl y geni, gan barhau i adael i waed wedi’i ocsigeneiddio gylchredeg wrth i’r system basio heibio i ochr chwith y galon sydd heb ddatblygu’n llawn a’i hepgor.