Ni ddeallir beth sy’n achosi gastrosgisis. Nid yw’n gysylltiedig fel arfer â namau genetig hysbys nac anomaleddau cynhenid eraill. Mae cysylltiadau dichonol wedi cael eu hawgrymu â nifer o lygrwyr amgylcheddol, gan gynnwys agosrwydd i safleoedd tirlenwi.
Credir y gall datblygiad yr anomaledd ddeillio o episodau fasgyfyngol yn nyddiau cynnar y beichiogrwydd. Gall gastrosgisis effeithio ar unrhyw feichiogrwydd, ond mae’r ffactorau risg mamol y gwyddys amdanynt yn cynnwys ysmygu; ieuenctid y fam; BMI (Mynegai Màs y Corff) isel; grwpiau cymdeithasol dan anfantais; camddefnyddio sylweddau; defnyddio aspirin a moddion gwrth-annwyd.