Os diagnosir PKU yn gynnar, mae’n bosibl i faban sy’n ei ddioddef dyfu â datblygiad ymennydd normal os cedwir lefelau ffenylalanin dan reolaeth, a hynny’n bennaf trwy reoli’r deiet a rhoi atchwanegiadau o asid amino. Mae hyn yn cynnwys osgoi llawer o ffynonellau protein a chynhyrchion llaeth. Os na roddir triniaeth, mae’r cymhlethdodau’n cynnwys anableddau dysgu dybryd, abnormaleddau yng ngweithrediad yr ymennydd, microseffali, anhwylderau o ran hwyliau, gweithredu motor afreolaidd a phroblemau ymddygiadol. Mae peth tystiolaeth sy’n awgrymu y gall oedolion â PKU sydd wedi cael triniaeth fod yn fwy tebygol o ddatblygu problemau iechyd meddwl megis iselder ysbryd neu orbryder [Ffynhonnell: Galw Iechyd Cymru/NHS Choices].